Untuk menunjang sarana peribadahan yang nyaman, MTs Thoriqul Huda sudah memiliki bangunan masjid. Adanya masjid di sekolah sangat besar manfaatnya bagi semua orang di lingkungan sekolah terutama para siswa. Manfaat utamanya adalah sebagai sarana ibadah. Selain itu masjid bisa bermanfaat sebagai laboratorium untuk pembinaan dan pendidikan agama bagi siswa.